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医学世家 弃儒从医
李时珍（林文龙饰）三代行医，自少对医药耳濡目染，着迷于草药研究，但为遵父命投考科举，结果三次落第，遂决心弃儒从医。
时珍以服务百姓为主，对穷人赠医施药，甚得人心。他拜奇医小地藏（廖启智饰）为师，发明了“蒸气消毒化”、“冷敷法”、“疯狗症疗法”等等，闯出名堂，奠定他日后成为药王的基础。
温疫期间，官方药局执错药、奸商卖假药的事件层出不穷，时珍遂立志重修历代本草，让世人以辨真伪。
权贵打压 逃亡隐世
行医成名的时珍，进入太医院。在此期间，他得以博览藏书，丰富了他修订本草的资料。他又接触到针灸铜人，得以深入研究奇经八脉，并发表“脑为元神之府”学说。
时珍欲向皇上自廌重修本草，把药医纳入正途。可是，他因力谏丹毒之害，受到权臣严嵩（罗乐林饰）打压。严嵩不惜罗织罪名，欲毁时珍手稿。于是，时珍逃离太医院，展开逃亡生涯。
隐世行医 撰写巨著
逃亡中，时珍一边隐世行医，一边采集研究草药，决以毕生之力完成《本草纲目》。被通辑期间，他仍冒险四出行医救人，为了医治重创病人，更用曼陀罗花成功研制成全身麻醉药。
不幸，时珍最后被捕下狱。严嵩利诱之，要他交出《本草纲目》手稿，便可免死罪，时珍如何决择？
红颜知己 错配鸳鸯
在时珍生命中，有两个重要的女人，一个是婚配之妻吴慕榕（李诗韵饰），一个是红颜知己冬青（叶璇饰）。
冬青懂得医药，跟时珍在医药救人经历中惺惺相惜而产生情愫。不料兄长果珍（艾威饰）亦喜欢冬青，时珍兄弟情深，于是让爱，并依婚约娶了慕榕为妻。
时珍成亲后，才发现冬青所爱之人是自己，已恨错难返，一个是婚配之妻，一个是红颜知己，时珍在情义之间陷于两难，他如何自处？
